O órgão máximo da FENEAD é o Conselho Nacional dos Estudantes de Administração – CONEAD, que se reúne duas vezes por ano, durante o Encontro Nacional dos Estudantes de Administração – ENEAD. Podem participar do CONEAD todos os estudantes de Administração do país.

Para a coordenação dos trabalhos da FENEAD é eleita anualmente, pelos Centros e Diretórios Acadêmicos do país, a Diretoria Nacional.

Composta por estudantes de várias faculdades e estados, a Diretoria Nacional encontra-se atualmente sediada na cidade de Fortaleza - CE.

Para melhor representação dos estudantes em todo país, a FENEAD é constituída de Diretorias Regionais. As Diretorias devem desenvolver o trabalho da FENEAD em sua jurisdição, que pode ser um Estado, parte dele ou a união de vários. Atualmente, existem em torno de 15 Diretorias Regionais.